തിരുവനന്തപുരത്തെ പ്രധാന നദികളാണ് വാമനപുരം പുഴയും (88 km), കരമനയാറും (67 km), നെയ്യാറും (56 km). അഗസ്ത്യമലനിരയിലെ പല കുന്നുകളിലായാണ് മൂവരുടേയും ഉദ്ഭവം. തമിഴ്നാട്ടിലെ ചെമ്മുഞ്ചി മുട്ടയിൽ (MSL:1717m/5633ft)